全自動水處理設備的應用原理包括三部分：基本原理，制備原理和工作原理，

制備原理是全自動水處理設備的核心思想，全自動水處理設備通常由原水預處理系統，反滲透純化系統、超純化后處理系統三部分組成。預處理的目的就是使原水達到反滲透分離組件的進水要求，保證反滲透純化系統的穩定運行。目前反滲透膜系統可以一次性去除原水中98%以上離子、有機物及100%微生物，是理論上很經濟高效的純化方法。超純化后處理系統通過多種集成技術進一步去除反滲透純水中尚存的微量離子、有機物等雜質，可滿足不同用途的很終水質指標要求。

工作原理是全自動水處理設備的基本原理擴展。很精密的膜法液體分離技術，在進水側施加操作壓力以克服自然滲透壓，當高于自然滲透壓的操作壓力離加于濃溶液側時水分子自然滲透的流動方向就會逆轉，進水中的水分子部分通過反滲透膜成為稀溶液側的凈化產水。反滲透設備能阻擋所有溶解性鹽及分子量大于100的有機物，由于水的分子量為18，小于100，所以允許水分子透過，反滲透復合膜脫鹽率原理上一般大于98%，它們廣泛用于工業純水及電子超純水制備，飲用純凈水生產，鍋爐給水等過程，在離子交換前使用反滲透設備可大幅度降低操作用水和廢水的排放量。